海单胞菌1株的分离和系统发育分析

                       作者：杨丽 闫志勇 宋旭霞 王斌

【摘要】  目的 对从双齿围沙蚕消化道内分离出的菌株Y5进行系统鉴定。方法 通过形态学、生理学、气相色谱法、（G+C）mol%、16S rRNA基因序列测定以及系统发育分析，鉴定该细菌的种属。结果 菌株Y5为革兰阴性细菌，直杆状，无芽孢，无鞭毛，大小为（0.5～1.0）μm×（1.5～3.0）μm；生长温度范围4～40 ℃；具有嗜盐性，NaCl耐受范围10～130 g/L；氧化酶、过氧化氢酶、精氨酸双水解试验阳性，不还原硝酸盐；可利用葡糖糖、麦芽糖且为惟一碳源；精氨酸脱羧试验阳性；细胞主要脂肪酸成分C18:1ω7c为41.0%、C16:1ω7c为25.5%、C16:0为12.9%，C10:0 3-OH为7.8%。DNA的（G+C）mol%为47.5%。菌株Y5 16S rRNA基因序列与9种已确定的海单胞菌相似度为93%～97%。根据16S rRNA基因序列构建的系统发育树显示，该菌株与其他海单胞菌位于系统发育树的同一类群中。结论 该细菌属海单胞菌属,并且可能为海单胞菌属的一个新种，暂命名为沙蚕海单胞菌（M. aibuhitensis sp. nov）。 
【关键词】  海单胞菌；双齿围沙蚕；16S rRNA；系统发育分析
　　［ABSTRACT］ Objective To identify a bacterial strain （strain Y5） isolated from the alimentary tract of Perinereis aibuhitensis Grube.  MethodsThe genera of the bacterial strain （strain Y5） was identified by means of morphology, physiology, meteorological stratography, （G+C）mol%,  16S rRNA gene sequence, and phylogenetic analysis. Results Strain Y5 was Gram negative, rod shape, without germ, atrichia, and the size was （0.5-1.0）μm×（1.5-3.0）μm. It grew in temperature ranged 4-40 ℃. It was halophilous, grew in the presence of 1% to 13% （W/V） NaCl. It was positive for arginine decarboxylation test. D-glucose and maltose were utilized as sole carbon sources. The percentage of the composition was: C18:1ω7c was 41.0%, C16:1ω7c was 25.5%, C16:0 was 12.9%,and C10:0 3-OH was 7.8%.The similarity of 16S rRNA gene order of strain Y5 was 93%-97% to the nine recognized species of Marinomonas. The phylogenetic analyses showed that strain Y5 was within the species cluster comprising the genus Marinomonas. Conclusion　Strain Y5 maybe a new species belongs to the genus Marinomonas, which is briefly named M. aibuhitensis sp. nov.
    ［KEY WORDS］ Marinomonas; Perinereis aibuhitensis Grube; 16S rRNA; Phylogenetic analysis
    海单胞菌属（Marinomonas）属于γ-变形菌纲海洋螺菌目海洋螺菌科。早在1983年，VAN LANDSCHOOT和DE LEY将原交替假单胞菌科交替假单胞菌属的A.communis和A.vaga两菌进行了重新分类，将其划归海洋螺菌科，并建立了海单胞菌属［1］。到目前为止，该属已经陆续确认了9个种，分别分布于黑海、地中海、日本海、亚南极区的海水或海洋生物中。我国海域广阔，海洋生物资源种类丰富，但迄今还未发现该菌属细菌的报道。我们在研究双齿围沙蚕（Perinereis aibuhitensis Grube）消化道菌群组成的过程中，分离出1株细菌（Y5），经过生理学、细胞脂肪酸、（G+C）mol%、16S rRNA基因序列测定以及系统发育分析，证实其属于海单胞菌属，现报告如下。
　　1  材料和方法
　　1.1 主要仪器和试剂
    主要仪器有 DNA扩增仪（4800型，美国PERKIN公司），紫外线透射仪（Promega公司），基因组DNA提取试剂盒（Wizard Genomic DNA Purification Kit，Promega），PCR产物纯化试剂盒（Promega），pGEM-T Easy载体（Promega）；主要试剂有Taq DNA 聚合酶、dNTPS、T4连接酶、EcoR Ⅰ等（加拿大MBI公司）。PCR引物由上海生物工程有限公司合成。 

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