危害水域生态环境中栖息生物的生存与发展。在湖泊、水库和池塘中，浮游藻类的大量繁殖且在水面高度密集，其危害在于：密集的浮游藻类阻挡了阳光的光线透射，底栖的水生植物因得不到充足的太阳能使其光合速率降低，减少了光合产物的产量，进而影响其正常的生长发育，同时还因其强烈吸收可见光的短波部分使水温升高影响了对水温敏感的生物种群的生存。
破坏水域生态景观。浮游藻类的大量繁殖往往密集在水面形成一层薄皮或泡沫，水体颜色变绿，加之死亡的浮游生物和鱼类漂浮在其中，不仅使原来干净、清澈、透明的水体变得色泽混杂，浮游藻类死亡后沉入水底并堆积使水体变浅，加速了湖泊水库的沼泽进程，破坏了原有的生态景观。
威胁人类身体健康。位于江河上游的湖泊、水库等大型水体若发生有害水华，浮游藻类释放的毒素和死亡的浮游生物污染了水源，导致水质下降，影响下游城乡居民生活用水质量，造成用水不便与困难。最新研究表明，它还是一种强烈的促癌剂，长期饮用含有该毒素的水可引发肝癌。另外，浮游藻类的生命活动会产生亚硝酸盐类致癌物质，也可使水体pH值升高促进霍乱弧菌的生长与繁殖，危害人体健康。有数据表明，蓝藻毒素是诱发肝癌的重要原因之一。而且，蓝藻毒素能引起学龄儿童的肝损伤，从小埋下罹患肝癌的祸根。
四．防治措施
目前治理蓝藻有各种方法，概括起来有以下几种：
第一，生物防止法。蓝藻是淡水鱼类的食物，因此可以通过投放此类鱼苗治理藻类，防止藻类暴发
第二，生物浮床法。利用吸附藻类的植物和其他生物控制水体中的营养物质，抑制藻类过量繁殖，从而建立生态平衡系统。
第三，机械捞法。这是最原始和传统的办法，即用人力将蓝藻连水带藻一起捞出。优点是打捞彻底，缺点是对于大面积蓝藻治理仍难奏效。
第四，化学法。即用化学药物杀灭方法，一般用硫酸铜。早期海洋赤潮治理也常用硫酸铜，效果较好。但二价铜离子对生物幼体的变态具有致畸性，并引起饵科藻类的严重脱落，同时，硫酸铜具有毒性，能破坏水体正常的生态系统。
第五，微生物菌除藻。将自然状态活性污泥中的有益菌种进行菌群筛选、分离出来，喷雾干燥后获得高密度菌粉，再通过工厂化大规模生产，附着到专利填料上，形成高效处理系统。
第六，高强磁灭藻。应该高强度磁场杀藻，有人发现，在磁场强度为3700Gs的高强磁水处理器的作用下，蓝藻基本消除，水体质量明显改善。这个方法的缺陷是成本高，不能对大范围蓝藻进行处理。
第七，工程疏浚法。即引入活水，如长江水，利用大水量将蓝藻连同发臭的湖水冲进海洋。特点是能够对大面积蓝藻进行治理，缺点是没有从根本上治理，是将污染转移到别的地方。不宜大规模提倡。
应当说，上述治理方法都是在末端上治理，是治标不治本的“下策”；滇池污染花费48亿失败的治理，就说明了人工治理措施都是非常局限的。尽管采取以邻为壑的做法，引长江水冲洗太湖或巢湖，将污染一冲了之，可以得到暂时的缓解，那仅是将污染转移到近海而已．由蓝藻变成褐藻，由水华变成赤潮，最终污染没有治理．反而愈演愈烈。科学的治理措施是，下大决心，采取强有力措施，切断工业、生活污水、农田氮磷等污染源．使水体漉动起来。待污染源中断后，尊重自然的选择，实行生态自我修复，仅辅以必要的人工治理措施即可。
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