一、大学内部治理结构中的法理基础
大学内部治理中的法理依据有教育法律法规、教育行政规章和其他规范性文件以及大学章程。在具体的实施过程中，又须契合一定的法理原则。
1.合宪性原则
宪法是我国的根本大法，任何法律都不得与宪法相冲突。在教育法中，涉及与宪法相违背的法律法规都属于无效法律。而依据这种无效法规实施的行政行为也属无效行为。
2.法律优先与法律保留原则
法律优先原则是指行政行为应受现存法律的约束，行政机关不能违反现存法律，不能采取与法律相抵触的抽象行政行为与具体行政行为。法律保留原则是指关于公民基本权利的限制等专属立法事项，必须由立法机关通过法律规定，行政机关不得代为规定，行政机关实施行政行为必须有法律授权。依此原则可避免一些法律适用中的从严行为。
3.程序合法原则
程序合法顾名思义是指法律运行中要严格按照法定程序进行。这种对于法律过程的关注在我国法律体系中没有得到应有的重视。我国对程序的要求是典型的形式主义和法条主义原则，与西方将行政行为必须坚守正当程序的要求普遍化为基本的法律原则是不同的。
4.权利义务对等原则
在法律规定的权利义务是互为条件的，即一方以另一方的存在为条件，且数量大致相当，结构互补方可构成一部法律。义务多而权利少或义务少权利多都会致使权力越位或权利受侵犯。
二、大学内部治理中的有关法律问题
大学内部治理结构中主要存在着领导权与行政权的矛盾、学术权力与行政权力的两难困境、高校与师生之间的法律纠纷等问题。
1.高校内部领导体制
1998年我国《高等教育法》确立了“党委领导下的校长负责制”，其中规定了“高等学校的校长全面负责本学校的教学、科学研究和其他行政管理工作”。而第四章三十九条规定“中国共产党高等学校基层委员会按照中国共产党章程和有关规定，统一领导学校工作，支持校长独立负责地行使职权”。这就使得党委的“统一领导”和校长的“全面负责”经常会在实际工作中处于一种平行状态。出现了“两个一把手”现象，这也是我国大学治理中的症结所在。
在我国大学中决策与行政事实上是混淆不清的，如《高等教育法》第三十九条规定党委有决策的权力，而《高等教育法》第四十一条第一款和第五款又明确校长也有决策的权力，而校长属于行政机构。显然，在我国，决策与管理的内涵是混为一谈的，决策机构是不明晰的。大学的决策权力不但要在大学内部各个组群之间分配，而且要在校外更多的利益群体间进行分配。要充分吸收校外各界人士参与高校决策，实现大学管理民主化与治理的多元化。
我国学者王鹏认为，公办大学的行为治理形式与规范治理形式无实质差别，呈现出“政治内部人”控制的特点，其外在表现形式是组织的公益性弱，而寻求政治合法性强。因此可把我国公办大学的内部治理形式归纳为“内部人控制的事业单位模式”。决策权与行政权的博弈亟待法律细则的完善。
2.校长遴选制
我国《高等教育法》第四十条规定：高等学校的校长，由符合教育法规定的任职条件的公民担任；高等学校的校长、副校长按照国家有关规定任免。具体的选拔程序与标准则套用党政干部领导选拔的规定进行。显然，校长遴选依旧沿袭政治体制中的一套规则和程序。这种自上而下的校长产生办法极易导致寻租和权力失衡，校长只对上级负责而忽视教师和学生的利益。而校长作为大学这一学术组织的关键人物，代表着大学的理念、价值取向和学科倾向，其教育领导作用通过投票数量是很难衡量的。
3.学术权力与行政权力
学术权力与行政权力已经是探讨大学治理不可回避的话题。学术权力通常被认为是具有学术人员或学术组织享有的权能。学术权力植根于高深学问，其合法性源于专家学者的学术水平和学术能力。行政权力是大学行政机构及行政人员依据国家法律、政府政策、学校规则的授权而拥有的影响和支配内部成员和机构的一种权力形式。行政权力植根于层级组织，其合法性在于法律的明确授权和组织的正式任命。
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